Einfache Windmessanlagen zeigen nur den scheinbaren Wind an, der sich aus dem wahren Wind und dem Fahrtwind ergibt und dem an Bord gefühlten Wind entspricht (mehr dazu in diesem Artikel). Hier genügt eine Vorausjustierung der Windrichtung auf gleichen angezeigten Windeinfall bei optimaler Höhe backbord wie steuerbord.
Bei Systemen, die zugleich den wahren Wind angeben, beginnt das Justieren mit der Logge. Deren Daten müssen stimmen, damit die Windberechnungen richtig sind. Noch besser, wenn sich als Geschwindigkeitsreferenz die Fahrt über Grund vom GPS auswählen lässt, dann fallen Fehler durch Strom und Log weg.
Wer nun hofft, nach einmaligem Justieren bei jedem Wetter auf den Knoten und aufs Grad genaue Werte zu bekommen, wird enttäuscht. Auf Segelyachten nimmt das eigene Rigg zu großen Einfluss auf die Ergebnisse. Regattasysteme arbeiten daher mit unterschiedlichen Datensätzen, je nach Wind, Kurs, Trimm und Segelführung. Hinzu kommt, dass sich Windgeschwindigkeit und -einfall zwischen Masttopp und Segeldruckpunkt unterscheiden. Dieser Effekt hängt von der Windstärke und sogar von der Wetterlage ab. Für Fahrtensegler empfiehlt sich die Einstellung bei der fürs Revier typischen mittleren Windgeschwindigkeit.
Das Justieren des Windgebers ist die unsicherste Angelegenheit. Die Vorausjustierung beginnt bei liegendem Mast: Neutral stehende Salinge mit der Wasserwaage waagerecht ausrichten; bei gepfeilten Salingen die Drahtdurchführungen auf gleiche Höhe bringen. Ein simples Senklot zeigt die Vorausrichtung für die Windmessanlage. Wenn der Mast gerade in der Spur steht, sollte es auch bei aufgeriggtem Schiff passen. Kontrolle: Bei sehr wenig Wind oder Flaute mit hoher Fahrt genau gegenan motoren – das Display sollte 0 Grad anzeigen.
Doch kein Schiff läuft backbord genauso hoch wie steuerbord. Damit der Autopilot trotzdem richtig nach der Windfahne wendet, wird deren Vorausrichtung nicht exakt mittschiffs eingestellt, sondern mit der Vorausjustierung am Instrument bewusst so verdreht, dass die optimale Höhe auf jedem Bug den gleichen Windeinfall ergibt. So ermittelt das System zwar die geografische Windrichtung um ein paar Grad falsch, dafür passen aber die Wendewinkel.
Die optimale Fehleinstellung ist von der Windgeschwindigkeit abhängig. Für Fahrtensegler genügt es, die Einstellung einmal bei 4 bis 5 Beaufort vorzunehmen.
Die Windgeschwindigkeitsanzeige lässt sich bei vielen Systemen nicht justieren. Falls doch, lassen sich die Fehler nur schrittweise minimieren: unter Motor mit mäßiger Fahrt abwechselnd gegen und mit dem Wind laufen, dabei so einstellen, dass der angezeigte wahre Wind in beiden Fällen gleich ist. Das bedeutet viel Ausprobieren, aber genauer geht es ohne teure Messtechnik nicht. Unter Segeln werden für Kreuz und raumschots trotzdem leichte Abweichungen im wahren Wind auftreten, da die Segel den Luftstrom über dem Mast verändern.