Les anémomètres simples n'indiquent que le vent apparent, qui résulte du vent vrai et du vent de route et qui correspond au vent ressenti à bord (en savoir plus dans cet article). Dans ce cas, il suffit d'ajuster à l'avance la direction du vent pour obtenir la même incidence du vent affichée à une hauteur optimale à bâbord comme à tribord.
Pour les systèmes qui indiquent en même temps le vent réel, le processus commence par l'utilisation d'un système d'alarme. Ajuster avec le log. Les données doivent être correctes pour que les calculs de vent soient corrects. Il est encore mieux de pouvoir choisir comme référence de vitesse le trajet au sol du GPS, ce qui permet d'éviter les erreurs dues au courant et au log.
Ceux qui espèrent obtenir des valeurs précises au nœud et au degré près après un seul réglage par tous les temps seront déçus. Sur les voiliers, le gréement individuel a une trop grande influence sur les résultats. Les systèmes de régate travaillent donc avec différents jeux de données, en fonction du vent, du cap, du réglage et de la conduite de la voile. A cela s'ajoute le fait que la vitesse et l'incidence du vent diffèrent entre l'arrêt du mât et le point de pression de la voile. Cet effet dépend de la force du vent et même des conditions météorologiques. Pour les navigateurs de croisière, il est recommandé de régler à la vitesse moyenne du vent, typique de la zone de navigation.
Le réglage de l'anémomètre est l'opération la moins sûre. Le préréglage commence lorsque le mât est couché : aligner les barres de flèche neutres à l'aide d'un niveau à bulle ; pour les barres de flèche, aligner les passages de fil à la même hauteur. Un simple fil à plomb indique l'alignement préalable de l'anémomètre. Si le mât est bien aligné, il devrait convenir, même lorsque le bateau est gréé. Contrôle : en cas de vent très faible ou d'accalmie, il faut avancer à toute vitesse en sens inverse - l'écran doit afficher 0 degré.
Mais aucun bateau ne navigue aussi haut à bâbord qu'à tribord. Pour que le pilote automatique vire quand même correctement en fonction de la girouette, la direction de celle-ci n'est pas réglée exactement au milieu du bateau, mais elle est délibérément tournée avec le préréglage sur l'instrument de manière à ce que la hauteur optimale donne la même incidence du vent sur chaque proue. Ainsi, le système détermine certes la direction géographique du vent avec quelques degrés d'erreur, mais les angles de virement sont adaptés.
Le mauvais réglage optimal dépend de la vitesse du vent. Pour les navigateurs de croisière, il suffit d'effectuer le réglage une fois par 4 à 5 Beaufort.
De nombreux systèmes ne permettent pas d'ajuster l'affichage de la vitesse du vent. Si c'est le cas, il n'est possible de minimiser les erreurs que par étapes : marcher sous le moteur à vitesse modérée, alternativement contre et avec le vent, en réglant de telle sorte que le vent vrai affiché soit le même dans les deux cas. Cela implique beaucoup de tâtonnements, mais on ne peut pas être plus précis sans une technique de mesure coûteuse. Sous voile, il y aura tout de même de légères différences dans le vent vrai pour le vent de croisière et le vent arrière, car les voiles modifient le flux d'air au-dessus du mât.