Dans un rapport adressé à la commission budgétaire du Bundestag allemand, la Cour des comptes se prononce concrètement contre la réalisation du projet de construction prévu. Celui-ci prévoit un bâtiment de musée de 3 300 mètres carrés avec 2 500 mètres carrés de surface d'exposition permanente et 800 mètres carrés de surface d'exposition temporaire. Avec le "Pékin" et le musée portuaire de Hambourg déjà existant dans le port Hansa, l'ensemble constituerait un Musée portuaire allemand prendre le rang de musée national.
C'est pourquoi le gouvernement fédéral avait déjà accordé en 2015 des fonds à hauteur de 120 millions d'euros, qui devaient financer entièrement aussi bien la rénovation du "Pékin" que la construction du bâtiment du musée. Alors que le Windjammer a effectivement pu être achevé en 2020 sur le chantier naval Peters à Wewelsfleth sur la Stör, l'augmentation générale des coûts de construction et d'énergie menace désormais de faire échouer la partie terrestre du projet : Selon la Cour fédérale des comptes, les besoins financiers pourraient augmenter à tel point par rapport à la planification initiale qu'il en résulterait un déficit de financement estimé à 100 millions d'euros.
L'autorité culturelle compétente de Hambourg part également du principe que des besoins supplémentaires sont nécessaires, mais souligne que les planifications ont déjà été adaptées à l'explosion des coûts dans le domaine de la construction avant que la Cour des comptes fédérale ne fasse son rapport. Des discussions sont actuellement en cours avec le Sénat de la ville libre et hanséatique de Hambourg concernant une participation aux coûts. La fondation des musées historiques de Hambourg, dont dépendra l'exploitation du musée, prévoit l'ouverture du musée portuaire allemand en 2029.